El edificio actual de la estación de Pehuajó se inauguró el 2 de Febrero de 1911, junto con el depósito de locomotoras y las viviendas para el personal. Se trata de un edificio de estilo inglés que se conserva casi todos los elementos de su aspecto original. Se destacan los techos sobre el andén y detalles como los carteles originales de época y una antigua campana. En el mismo edificio funciona el Museo Regional Rafael Hernández. Desde agosto de 2015 no se prestan servicios de pasajeros.